典型的荧光显微镜技术，依靠在一个波长（激发）二次荧光在随后的发射波长较长，荧光光吸收。

激发和发射光谱剖面最大值（峰）相互分离的可变带宽，从几十到几百纳米不等。

标签内的组件，如细胞核，线粒体，细胞骨架和膜与特定的荧光，使内固定和生活的准备自己的定位。同时标注几个亚细胞结构与个人荧光分离激发和发射光谱，专门荧光过滤器组合可受聘到邻近分子标记在一个单细胞或组织切片检查。使用这种技术，分子比光学分辨率极限紧密联系起来，似乎是一致的（并说“共定位”）。

荧光显微镜这明显的空间接近意味着分子协会是可能的。然而，在大多数情况下，正常的衍射极限的荧光显微镜的分辨率是不足以确定生物大分子之间的相互作用是否实际发生。

共振是无辐射能量转移荧光团（供体）从激发态发生了第二个荧光（承兑人）在接近的过程。共振测量，因为可以发生能量转移的范围仅限于约10纳米（100埃），转换效率是极其敏感的荧光之间的间隔距离，可以是一个有价值的工具，用于探测分子间的相互作用。